| 序号 | 一级学科名称 | 评估结果 |
| 1 | 中医学 | A- |
| 2 | 中西医结合 | A- |
| 3 | 中药学 | A- |
重点关注： 南京中医药大学A-学科有3个，是：中医学、中西医结合、中药学。这些评级为A-的学科所对应的本科专业，也是南京中医药大学最有名的专业。
| 序号 | 一级学科名称 | 评估结果 |
| 1 | 护理学 | B+ |
| 2 | 药学 | B- |
| 序号 | 一级学科名称 | 评估结果 |
| 1 | 公共管理 | C- |
| 评级 | 全国排名 |
| A+ | 前2%（或前2名） |
| A | 2%～5%（不含2%，下同） |
| A- | 5%～10% |
| B+ | 10%～20% |
| B | 20%～30% |
| B- | 30%～40% |
| C+ | 40%～50% |
| C | 50%～60% |
| C- | 60%～70% |
学科评估是教育部学位与研究生教育发展中心按照国务院学位委员会和教育部颁布的《学位授予与人才培养学科目录》对全国具有博士或硕士学位授予权的一级学科开展整体水平评估
