目前，复旦大学有直属院（系）35个，附属医院18家（其中2家筹建）。学校设有本科专业80个，拥有一级学科博士学位授权点40个，一级学科硕士学位授权点43个（含一级学科博士学位授权点），博士专业学位授权点5个，硕士专业学位授权点30个，博士后科研流动站37个。在校普通本科生15164人，研究生34618人（含全日制和非全日制的大陆港澳台生），学历留学生2535人。在校教学科研人员3602人。中国科学院、中国工程院院士（含双聘）59人，文科杰出教授1人，文科资深教授15人，获得各类国家级人才计划661人，占师资队伍比重近20%。
| 编号 | 实验室名称 |
| 1 | 非线性数学模型与方法教育部重点实验室 |
| 2 | 聚合物分子工程教育部重点实验室教育部重点实验室 |
| 3 | 应用离子束物理教育部重点实验室 |
| 4 | 癌变与侵袭原理教育部重点实验室 |
| 5 | 生物多样性与生态工程教育部重点实验室 |
| 6 | 医学分子病毒学教育部重点实验室 |
| 7 | 分子医学教育部重点实验室 |
| 8 | 现代人类学教育部重点实验室 |
| 9 | 智能化递药教育部重点实验室 |
| 10 | 基于加速器的原子分子物理教育部重点实验室 |
| 编号 | 实验室名称 |
| 1 | 纳米技术及应用国家工程研究中心 |
