从建系开始海洋科学与工程系就定为要建设成为国际知名的海洋科学和工程研究基地，致力于培养国际化高层次深海研究人才。近五年海洋系将重点建设物理海洋学、生物和微生物海洋学、海洋地球物理/地质学和海洋工程这四个学科，把参与或引领国际海洋领域研究计划作为目标，通过国际合作为提升南方科技大学在国际学术界的知名度做出重要贡献。海洋系始终把海外人才引进和具有国际视野的高水平师资队伍建设放在系发展的首位。全体教员都具有海外留学或工作的经历，胜任全英文教学。借助深圳市政府筹建的深圳海洋研究院提供的海洋关键技术研发的平台，海洋系将迅速建成并拥有科学考察船（深圳号）、码头、海洋装备和工程技术实验室，向世界排名前几位的美国伍兹霍尔海洋研究所、美国斯克里普斯海洋研究所和英国的南安普顿国家海洋研究中心看齐。培养目标本专业培养具有良好的思想道德素质和较高的人文科学素养，具备海洋科学的基本能理论、基础知识和基本技能，系统掌握海洋科学特定领域专业知识和专项技能，能在海洋科学及相关领域从事科研、教学、管理及技术研发工作，具有国际视野以及正确海洋观的高素质科技专门人才。基本要求本专业学生主要学习数学、物理学、化学、生物学、地质学、和海洋科学方面的基本理论和基本知识，学习海洋科学特定领域的专业知识，接受海洋调查、海洋观测、数据分析和海洋科学问题研究方面的基本训练，掌握海洋科学特定专业领域的工作方法，具有在海洋科学特定专业领域开展实验设计、数据采集、研究科学问题和解决应用问题的基本能力。基本课程设置专业课程主要分为专业基础课和专业选修课程，设置主要体现两方面特点：1）科学理论与工程应用并重；2）多学科交叉、融合专业基础课专业基础课程(含专业核心课程)（15门，共50学分）包括：海洋科学导论（4学分）、海洋地质学（4学分）、海洋生物学（3学分）、海洋化学（3学分）、物理海洋学（4学分）、海洋地球物理学（4学分）、大气科学概论（2学分）、海洋调查与观测技术（3学分）、海洋要素分析方法及预报（3学分）、计算方法（3学分）等。专业选修课程专业选修课程（10门，共25学分）包括：海洋沉积学（2学分）、地球化学（3学分）、古海洋学（2学分）、地震学（3学分）、矿物学和岩石学（4学分）、海洋要素计算（3学分）等。