主要课程：植物学、植物生理学、树木学、气象学、土壤学、测量学、森林生态学、森林经理学、林业3S技术与应用、林业微生物、分子生物学、植物病原学、森林病理学、普通昆虫学、森林昆虫学、森林动植物检疫学、林木化学保护、生物防治、林火生态与管理、无人机技术与应用等。

森林保护专业历史底蕴雄厚，是学校开设最早的专业之一，1980年开始招生，2005年获批云南省省级重点建设专业，2014年入选国家级卓越农林人才培养计划项目，2019年获批省级一流专业建设点，2022年入选云南省增A建设一流专业，在云南省高校本科专业评估中，2020、2021、2022连续三年评定为B。近三年该专业考取研究生比例超50%。

森林保护专业以“两山”理论为指引，深入贯彻新发展理念，聚焦保护森林，主要培养适应社会经济发展和林业建设需要，德、智、体、美、劳全面发展，掌握现代新技术，符合新农科需要，具备森林保护专业所要求的基本理论、方法和技能，具有国际视野，能在林学、园林、森林资源保护、生态文明建设等相关领域，从事生态系统健康、生态安全和林业有害生物绿色防控与预警的教学、管理、创业的拔尖创新型和复合应用型高素质专业技术人才。