环境工程专业于1986年开始招生（专科），1993年开始招生本科，1996年获环境工程硕士学位授予权，2003年获环境工程博士学位授予权，2006年获环境科学与工程一级硕士学位授予权，2009年获批环境科学与工程博士后科研流动站，2011年获批环境科学与工程一级学科博士点，2018年通过中国工程教育专业认证协会组织的工程教育专业认证。目前，环境工程专业每年招生80-90名本科生，分为普通班和卓越工程师教育培养班。环境工程专业是江西省重点学科（江西省科技厅）；同时依托鄱阳湖环境与资源利用教育部重点实验室（教育部，2004年）和鄱阳湖综合治理与资源开发重点实验室（江西省科技厅，2003年）。科研基地建设充分，可用于本一级学科点研究生培养的教学或专业实验室12个，仪器设备总值6000多万元。本专业以“解决生态环境问题，服务地方社会经济发展”为出发点，立足鄱阳湖生态经济区建设、国家生态文明试验区（江西）建设，面向全国和国际环境保护技术研究前沿，围绕鄱阳湖流域生态环境保护和资源综合开发利用的环境工程技术问题，形成了污染控制工程、环境生物技术、环境资源综合利用工程、环境监测与污染修复工程、环境分析与污染化学、生态环境规划与管理等具有地方鲜明特色的学科研究方向。本专业涉及的内容主要包括：水污染控制工程、大气污染控制工程、固体废物处理工程、噪声控制工程、环境监测、环境评价等。本专业也是江西省特色专业，入选“卓越工程师教育培养计划”，拥有省级实验教学示范中心，在水污染控制工程和环境评价等方面具有优势。本专业培养具有较高的道德文化修养，具备水、气、声、固体废弃物等污染防治工程、环境监测、规划管理、给水排水工程等多方面知识，能在政府部门、规划部门、环境管理部门、给水排水单位、设计单位、施工单位、环保公司、科研单位、高校等从事管理、规划、设计、施工、教育和研究开发等方面的工作的环境工程学科高级技术人才。