制药工程专业学制4年，毕业时授予工学学士学位核心课程：药物合成反应、药物化学、制药工艺学、药剂学、化工原理。本专业培养掌握制药工程方面基本理论、基础知识和基本技能，接受制药工程实践、工程设计与科学研究方法的基本训练，具有制药工程过程开发与设计、安全管理、新药的研制、分析检测等基本能力。能在工程设计、药物的研究开发、产品质量控制、生产管理、药品的分析与检测、医药营销等领域发挥专业特长、显示创造力；在德智体各个方面快速成长，培养成具有良好思想素养、文化素养和科学素养的高素质创新型工程技术人才。培养特色人才培养——学院始终坚持“育人为本、德育为先”的教育理念，着力探索构建价值塑造、能力培养、知识传授“三位一体”的人才培养模式，聚焦国家战略需求及卡脖子问题需求，结合学科特点，优化培养方案，尤其是专业选修课程，重新设计跨尺度、跨学科、跨学历的“本硕博”有机融合与贯通的拔尖人才培养体系，支撑硕士及博士阶段的创新能力培养。学生就业区域分布较广，就业行业集中在专业相关行业，学生投身国防及国家基层建设的人数增多，进入教育行业的学生增多。特色教学——根据多层次创新能力培养理论，学院构建“学科竞赛为牵引，综合设计为纽带，课程教学为基础，平台制度为保障，高质量创新为目标”的专业教育与创新教育融合机制。鼓励学生每个学期进入教师实验室进行科学研究，以轮换方式，保证每个学生每个学期都能参与到不同课题组的科研项目中。鼓励学生在本科期间有机会到国际国内顶级高校的知名课题组进行为期半年或一年的交流学习。通过学术大师言传身教和环境熏陶，接触科学技术和思想文化研究前沿，加强对拔尖学生的精神感召、学术引领和人生指导，让学生通过耳濡目染激发学术兴趣和创新潜力。

国际化交流——学院不断拓展与境内外高校师生的交流活动，先后建立本科生实践教学基地14个，签订包含本科人才培养的战略合作协议2个（北京大学、大连化学物理研究所），签订重庆大学化学学科本科生拔尖学生人才战略合作框架协议1个（中国科学院化学研究所）。实施院级-校级-市级-国家级多层次科研训练计划；同时，先后与法国图卢兹大学、美国康涅狄格大学、美国犹他大学、日本九州大学、香港科技大学、澳大利亚卧龙岗大学、意大利博洛尼亚大学、新加坡南洋理工大学等国际知名大学建立优秀本科生合作培养模式。先后派出60余名本科生出国，在化学化工领域进行访学和交流培养，本科生综合能力及科研创新能力得到显著提升。综合能力培养——学院拥有科研和实验用房总面积12000平方米，建有“化工过程强化与反应”国家地方联合工程实验室、“洁净能源与特色资源高效利用化工过程”重庆市重点实验室、“理论与计算化学”重庆市重点实验室、“化工过程强化及反应”重庆市工程实验室等多个国家和市级重点科研平台，拥有电子显微镜、核磁共振仪、气质联用仪、全自动比表面及孔径分析仪、电化学分析系统、色谱仪、光谱仪等大型分析测试30余套，价值6000余万元，化工成套实验装备20多套，价值1000余万元，为学生综合能力的培养提供了多个平台。学院依托平台积极开展各种类型的本科生科研创新训练计划，引导本科生进入实验室，大三以上本科生参与科研率高达90%以上，近三年完成各类创新实践项目100余项，有9名本科生发表SCI论文11篇（其中一区论文4篇、二区论文3篇），申请专利21项；积极开展“全国大学生化学实验创新设计大赛”、“卓越杯大学生化学新实验设计及化学实验技能竞赛”、“重庆市高校化学实验竞赛”、“树声前锋杯”等各种类型的学科和实验竞赛，每年有约5%本科生荣获国家级奖项，约10%本科生荣获省部级奖项，约30%本科生荣获校级奖项。

毕业前景学院注重学生实践技能和应用能力的培养，毕业学生主要从事制药、精细化工、环保、新能源、新材料、通讯设备、医疗器械等领域的研究、生产管理和技术开发。毕业生就业选择囊括世界500强、中外名企、国家机关单位、科研院所等单位，如：中石油、中石化、强生医疗、长安福特、比亚迪、宁德时代、迈瑞医疗、中国航天科工集团、中核集团、中国电子集团等。近三年就业率最高达到92.52%，升学率最高至45.27%，深造高校包含北京大学、清华大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、天津大学、重庆大学、上海交通大学等。