临床医学专业于2008年通过教育部评估后开始招生。本专业为学院重点建设专业，拥有校内和行业双专业带头人，建立校内和附属医院双教研室。校内外专任、兼职教师共同形成一支高素质、结构合理的教学团队。校内专任教师中，硕士研究生以上学历占93.3%，中高级职称占53%。本专业实行“三年两段、六能双证”人才培养模式，培养具有良好的职业素养，能向个人、家庭、社区提供公共卫生和基础医疗服务的高素质技术技能型临床医学人才。现有临床医学专业校企合作班教学医院2家，附属医院7家，实习医院16家。均为二级甲等以上医疗卫生机构，能够满足临床医学专业教学和技能训练需要。目前校内已经建成临床医学专业省级生产性实训基地，使用面积约1300㎡，建立与国家医师资格考试接轨的OSCE考站。为临床医学专业提供了配备完全的实训基地。

核心课程：人体解剖学、生理学、药理学、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、基本公共卫生服务实务。其中校级精品在线开放课程：妇产科学、外科学、诊断学。专业证照：（1）学生毕业颁发福建省教育厅统一印制、国家教育部电子注册的专科毕业证书，毕业证书可在中国高等教育学生信息网上查询认证。（2）在校期间可通过国家职业技能鉴定培训与考试，获取健康管理师等国家职业资格证书，毕业后可依法报考国家助理医师执业资格证书。就业方向及就业率：毕业后在各级各类基层医疗卫生机构（包括社区卫生服务中心/站、乡镇卫生院、村卫生所（室）、计生服务站、基层疾控中心等）。近三年毕业生就业率达100%。继续教育：本专业应届毕业生可参加莆田学院等本科院校“专升本”考试，历年来毕业生专升本上线率较高。对外合作项目：我系开设校企（院）合作班，与宁德市医院、武夷山市立医院联合开设临床医学定向班。实行“1+1+1”模式。第一年在校内学习专业基础课程，第二年在合作医院学习专业课程，第三年分散到全省各地二甲以上医院顶岗实习。“1+1+1”模式提前让学生接触职场环境，延长学生在临床岗位上学习专业技能的时间，提高了学生的岗位职业能力。教学实训场景校企合作班实训课教学外聘教师在校实训课教学参加2019年福建省大学生军事技能比武活动获奖