根据制药行业的产业升级和社会对医药行业人才的多层次需求，结合国家对医药行业的最新发展方向，在此基础上制定培养方案，充分适应我国医药市场对专业人才的需求。以江苏省分子医学生物技术重点实验室、省超分子药物及应用省重点实验室、省生物多样性与生物技术重点实验室、南京师范大学生命科学学院新药开发中心等实验室为依托，建立了生物技术及制药化学实验中心，拥有以安捷仑公司的高效液相色谱（HPLC）、天美公司的气相色谱（GC7890）、天然产物与药物提取系统、全自动高压灭菌设备等各种主要仪器设备为基础的实验与实训场所，以满足制药工程专业学生实践、应用和研究创新的需要。本专业着重让学生掌握制药工程的基本理论和专业技能，培养具有化学制药、生物制药、新药研制和质量管理等工作和研究能力的应用型人才。毕业生毕业后主要在医药化学领域和医药生物技术领域相关的生产企业、医院、营销企业、科研院所、药品监督管理部门等企、事业单位，从事药品生产、管理、营销、检验监督和研发等工作。

与扬子江药业集团海慈生物药业有限公司、江苏森萱医药化工(泰兴医药化工厂)、江苏省元素有机化学工程技术中心、南通维立科化工有限公司等多家企业建立校企联盟或参观、实习、实训基地，供学生参观、培训、实习。

本专业开设的主要课程：无机化学、有机化学、分析化学、化工原理、药物化学、药物分析学、药理学、中药学与生药学、制药工程原理、化学制药工艺学、药剂学、天然药物化学、解剖生理与病理学、制剂设备与工艺学。