济宁医学院的前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，位于山东省济宁市，1958年改为济宁医学院，招收第一届本科生；1959年改为济宁医学专科学校； 1987年1月，经原国家教育委员会批准，更名为济宁医学院；2008年4月学校以“优秀”成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。

截至2013年6月，济宁医学院有济宁、北湖、日照3个校区，占地总面积为124万余平方米，建筑面积67万余平方米。学校固定资产总值9.45亿元，其中教学科研仪器设备总值1.9亿元，馆藏图书总量为150余万册。北湖校区坐落在孔孟之乡、礼仪之邦、素有江北小苏州之称的济宁市北湖新区。日照校区坐落在黄海之滨、素有“东方夏威夷”之称的日照市。

学校有国家级特色专业建设点、综合改革试点项目、卓越医生教育培养计划4项；省级特色专业、应用型人才培养专业发展支持计划项目、高水平应用型重点建设专业、卓越工程师教育培养计划等项目12项；有省级重点学科和重点实验室、人才培养模式创新实验区、教学团队等23个；有国家级精品课程、精品资源共享课、省级精品课程等32门；拥有临床医学硕士专业学位授权点。

近五年，承担科研项目1180项，其中国家级项目40项，省部级项目122项，厅局级项目212项；科研成果获省部级5项，获厅局级奖励129项；出版专著283部，教材43部；发表论文2131篇，其中被SCI等收录论文187篇；鉴定成果354项，获专利209项。

中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠学校，主办《中华行为医学与脑科学杂志》《中华诊断学电子杂志》《精神医学杂志》和《济宁医学院学报》，均向国内外公开发行。《中华行为医学与脑科学杂志》为中国权威学术期刊，名列基础医学类期刊第一名，并入选“中国科协精品科技期刊工程项目”。