| 年份 | 软科中国最好大学排名 |
| 2024年 | 48 |
| 2023年 | 48 |
| 年份 | 软科医药类排名 |
| 2024年 | 4 |
| 2023年 | 3 |
| 年份 | 武书连中国大学综合实力排名 |
| 2024年 | 66 |
| 2023年 | 61 |
| 年份 | 校友会中国大学排名 |
| 2025年 | 104 |
| 2024年 | 104 |
| 2023年 | 108 |
| 年份 | 校友会医药类排名 |
| 2025年 | 9 |
| 2024年 | 7 |
| 2023年 | 8 |
| 年份 | 金平果本科院校竞争力排名 |
| 2024年 | 112 |
| 2023年 | 114 |
小结： 南京医科大学2025年排名全国第104位，南京医科大学在全国的认可度比较高。
